Theo Chương trình Tiêm chủng mở rộng Quốc gia, tất cả các trẻ em Việt Nam đều được chủng ngừa miễn phí để ngừa các bệnh: bạch hầu, uốn ván, ho gà, sởi, sốt bại liệt, lao và viêm gan B. Các bậc cha mẹ đều nắm rõ điều này tuy nhiên ít người quan tâm đến việc khi nào thì trẻ không được tiêm chủng.

Lao
Không nên tiêm cho trẻ bị viêm da có mủ, đang bị sốt trên 37,5 độ C, bị tiêu chảy, suy dinh dưỡng, bệnh tai mũi họng, viêm phổi, vàng da... và nhất là trẻ bị nhiễm HIV.
Bạch hầu, uốn ván, ho gà
Trong trường hợp trẻ đang mắc bệnh nhiễm khuẩn, sốt cao, rối loạn thần kinh... không nên tiêm ngừa.
Bại liệt
Tuyệt đối không được cho uống Sabin ngừa sốt bại liệt trong lúc trẻ đang bị sốt, bị nôn, tiêu chảy, đang được điều trị bằng thuốc corticoid, mắc bệnh ác tính (u lympho, bạch cầu cấp...) hoặc bị nhiễm HIV. Không cho các cháu uống thuốc Sabin đồng thời với vaccine thương hàn.
Với một số trường hợp trẻ không uống được, nên dùng vaccine dạng tiêm (vaccine Salk).
Sởi
Khi trẻ đang sốt cao, bị suy giảm miễn dịch nhiễm HIV, cần hoãn tiêm thuốc ngừa bệnh sởi.

Viêm gan siêu vi B (VGSVB)
Đối với trẻ sinh ra nhẹ cân (ít hơn 1,5 kg) có thể chờ cho đến khi trẻ được 2 kg hoặc từ 2 tháng tuổi mới bắt đầu tiêm ngừa VGSVB.
Viêm não Nhật Bản(VNNB)
Tiêm ngừa bệnh viêm não Nhật Bản không được tiến hành cho trẻ đang sốt cao, mắc bệnh tim, thận, gan, tiểu đường hoặc suy dinh dưỡng, đang mắc bệnh ung thư máu và nhất là trẻ đã từng bị dị ứng với thuốc ngừa VNNB.
Các bệnh khác
Bên cạnh các bệnh nói trên, một số bệnh khác từ lâu đã có vaccine phòng ngừa như: dại, thủy đậu, viêm màng não, quai bị, cúm... cũng được quan tâm. Tuy nhiên, nhiều nhà khoa học đưa ra quan điểm (đến nay vẫn chưa thống nhất) không nên tiêm ngừa quá nhiều loại vaccine cho trẻ, đề phòng gây ''quá tải'' cho hệ miễn dịch của cơ thể.